Natsume é um jovem que herdou os poderes de sua avó de ver yõkais, que nada mais são do que espirítos humanoides ou não bons ou ruins.
Além disso sua avó deixou de hereança um livro, capaz de selar essas criaturas, quem completar esse livro pode se tornar o deus dessas criaturas.
E esse caderno pode ser possuido por qualquer criatura yõkais ou humanos, o que torna o jovem Natsume alvo visado de todos.
Durante esse período ele é atacado por um gato, Nyanko, na verdade ele é o yõkai mais forte da região e seu nome é Madara, ele jura proteger Natsume desde que ao fim de libertar todos os yõkais preso no caderno, o livro fique com ele, mas ao fim as coisas não são bem assim.
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